绝经两年后发现卵巢囊肿有可能是良性，也有可能是恶性。具体分析如下：

绝经是女性生理周期中的一个重要阶段，通常发生在45—55岁之间。虽然绝经后的女性，其卵巢功能逐渐减退，但是仍然可能患上卵巢囊肿。需要注意的是，卵巢囊肿通常分为良性和恶性两种。良性卵巢囊肿通常是功能性卵巢囊肿、黄体囊肿等，一般不会引起太大的问题。而恶性卵巢囊肿则可能会引起癌症。通常来说，一般不能直接明确绝经后女性出现的卵巢囊肿的具体性质，需要根据实际情况、检查结果进行综合判断，因为此阶段的女性有可能会患上良性卵巢囊肿，也有可能会患上恶性卵巢囊肿。

另外，如果卵巢囊肿是良性的，通常不需要过多干预，如果是恶性的，则需要进行积极治疗，例如化疗、放疗、手术治疗等。