一般情况下，半夜十二点醒来是胆在运行。具体分析如下：

根据中医的观点，人体的各个器官和经络都有特定的运行时间。每个器官在一天的不同时间段都有不同的活动和休息状态。这些时间段与人体的生物钟有关，而生物钟则与人体内分泌系统的调节密切相关。晚上十一点到凌晨一点对应胆，如果人体的胆功能正常，则这个时间段内人体处于基本的休息状态，人会很容易沉睡着，但如果胆的功能发生了问题，则会导致失眠、易醒等症状。胆经的活动涉及情绪、视力和运动，并对肝脏的新陈代谢和红细胞的生成有影响。如果肝胆功能失衡，则会导致失眠、焦虑、易怒、疲劳等问题。

因此，半夜十二点醒来和胆的运行有一定的关系，但这并不意味着必定存在问题。